王在晋守辽期间，正是努尔哈赤在西边忙于运粮，东边镇压bào乱，顾此失彼的时候，明廷竟任命王在晋这样经略，退守山海关，毫无东进、恢复失地之心，这对努尔哈赤来说，实在是不可多得的帮助。正是在这期间，使后金能够把右屯卫的存粮基本运完，又从容地发兵镇压了镇江人民的反抗，攻占了锦义地区的戚家堡、十官儿屯、十三山等地占山反抗的辽民据点。
为了探清明军的虚实，求得内部整顿奏效，努尔哈赤曾经委托西部蒙古的根根儿向经略王在晋表示愿意与明廷讲和。王在晋听了以后，回答说：后金对于朝廷不是讲和的问题，应当是乞降。投降以后，将辽东各城归还朝廷，上地、人民、叛臣都要jiāo清，否则，惟有进剿一途[18]。王在晋的口气虽然很硬，但却无意东进，努尔哈赤也无力西扰，双方弄成了各自为守的局面。
从天启二年八月，到夭启五年十一月，由于边防重臣一再更易，皇帝恢复辽东的旨意毫无进展，加上明廷阉党当权，竟以宰臣驻守边关，命令阁臣孙承宗出关，镇守辽边[19]，这是破例的做法。
阁臣孙承宗守辽的功绩在于造成了与后金较长时期对峙的局面，奠定了宁远之战的胜利基础。孙承宗到了辽边以后，首先定出军制，明确各官的职守。他任命马世龙作为守辽的主将佩平辽将军的大印，特赐给尚方剑，王世钦、尤世禄作马世龙的副手，又任命马世龙为总兵官，派祖大寿驻守觉华岛，副将赵率教驻守前屯卫，卫前筑堡数十个。监军袁崇焕，鹿善继、茅元仪等积极向阁臣请求驻守宁远城。孙承宗从长远考虑，决意修复宁远城，与部下同僚等议定以后，命令祖大寿率部先去兴工修筑。祖大寿最初认为，朝廷没有足够的力量远守，虽然孙承宗令他将宁远城加固修筑，但他只修筑了十分之一。天启三年(公元1623年，天命八年)九月，孙承宗欲图大举收复失地，为此对宁远、觉华岛的战略地位很重视。他认为山海关以东的前屯卫、宁远城，可以屯聚重兵，积储粮草，尤其是宁远城，应当先以骁勇的大将统率水师驻扎。若是敌兵攻击宁远城，水师可以绕其背后进行攻击，宁远守军攻击敌人之首，汤泉、珑山、首山等宁远周围重要地方埋设伏兵，袭击敌人侧翼。如果敌人进攻关城，那么宁远居其后。前有坚城，后有劲兵，宁远、关城都可以守，阻敌人于二百里之外。这是宁远城的最初攻守布局[20]。
阁臣孙承宗为了守关，力图恢复失地，曾立志要有一番作为，对于辽河东西的战守问题做过较详细的分析，从据守、款和、恢复三个方面提出问题。他说，以“守”来说：关城所聚集的都是秦、晋、川、湖、齐、梁、燕、赵的兵，客兵为主。他们除了顾及吃粮以外，要使他们捐弃祖宗坟墓、妻室、子女，约边疆效死是很难的，况且粮草不济，就是粮草齐备，国家也难以长期坐养十万边兵，速战不能，久守坐困，师老财匮，必然发生兵变。以“款”来说，如果撤宁远，坐守关城，关外二百里之内，蒙古八部三十六家，部众二十多万，安插不易，不安插也必然发生变故，所以非据守宁前各地不可。以“恢复”来说，守住宁远，可以阻敌人于宁前以外，否则，后金占了宁远，关城更不易守了，恢复失地也难以做到。
在对待辽民的问题上，阁臣孙承宗的看法与王在晋相反，他认为议兵必须先考虑土著居民，主张安插辽人，在两卫(宁远、前屯)、三所、二十七堡中，屯田守边。这屯田守边叫做“以辽人守辽土，以辽土养辽人”。经过孙阁臣的苦心经营，使宁前、锦义的战守形势发生很大变化。山海关上的守战器械从关城移入前屯、宁远。袁崇焕率领三位参将经营宁远城，与祖大寿等共同制定规划，决定命令诸将分段修筑，期限一年完成。由名将满桂(蒙古族)协助施工。宁远城修竣以后，袁崇焕就职守城，他誓与此城共存亡。天启五年(公元1625年，夭命十年)夏天，袁崇焕分派将士向锦州以东各地驻守。这样，据守宁远城的规模初步确定下来了[21]。这时，孙承宗率领众将已经恢复了中前所、前屯卫、中后所、中右所、守堡四十七座，即宁远、前屯、锦州、右屯等四百多里，招募辽兵三万，由马世龙等三位大将更番训练。辽兵分为十二营，每个营各有主将，步佐、骑佐、轻车。此外还有水师五营，都由马世龙统率。共训练出弓弩手五万名，火铳手六百名。打造兵船一千五百艘，兵车六万，马、牛、器械、盔甲、火器，总计资金达百余万。另外，安插辽民三十万，官兵屯田五千余顷。部将统兵守城护堡，人民安心耕田，逃入关内的辽民纷纷返回故土，先后出关的多达十余万。从山海关到宁前各卫，车骑于途，城堡辐辏，颇有太平景象。军饷也大为节省，官军屯田得银两十五万，盐利银三万四千多两，军卒采集青草，节省马草、马料十八万两。孙承宗安插辽人用辽人之策，大得民心，成为努尔哈赤争取辽民的一大障碍，同时，宁远城、前屯卫一带日渐殷富，为宁远之战的胜利奠定了雄厚的物质基础。
在具备这些条件后，阁臣孙承宗准备实现皇上的“宁远、广宁及河东土宇，渐图恢复”[22]的训示。承宗上疏后，皇上立即命令有关部门，供应阁臣提出的二十四万的兴师军饷。但朝中魏忠贤等阉党操持权柄，故意使兵、工二部文移往来，拖延时间，致使饷费久久不能到关，结果，承宗的兴师计划[23]，没能得到实现。
孙承宗身为兵部尚书，东阁大学士，守边请饷，皇上又有批复，魏忠贤怎么敢软磨硬抗，不拨饷到关，迟误军机呢?当时，皇帝昏聩，宠信阉党首领魏忠贤。魏忠贤为人忌贤妒能，趋炎附势。天启五年(公元1625年，天命十年)初，魏忠贤见孙承宗守边三年，功高望众，便想拉拢他，但孙承宗见他不正派，不愿意与他jiāo结，因此魏忠贤记恨在心。天启五年的下半年，孙承宗因为收复失地计划不能实现，想借西巡蓟辽，路过北京的机会，面见皇上，陈述边情。他原计划在十一月十四日人京，兼贺万寿节。这事被阉党魏广徵知道了，他急速把消息转告了魏忠贤。魏忠贤听了大为惶恐，经过密谋后，诬蔑孙承宗“左袒东林”[24]，拥重兵过京师，欲“清君侧”[25]，指使御史李藩、崔呈秀等弹劾孙承宗此行是“挟兵震主”。魏忠贤亲自到皇上面前陷害孙承宗，皇帝不辨真假、听信诬告，慌忙下旨给孙承宗说：守边远离信守戍地，非祖宗之制，违犯者法不宽宥，并命令兵部发飞骑三次，阻止他人京。这时，孙承宗已经到了通州，闻命即刻败兴而归。他回到关上以后，左思右想，无计可施，只好屡屡上疏，请求罢职回家。这不能不说是由于皇帝昏聩，使老臣不能效命疆场，误了边疆大事[26]。
孙承宗严守辽边近四年间，厚积储，时刻备战，却没有能够得到进展，为努尔哈赤提供了喘息的机会。那么，努尔哈赤为什么三年多时间没有再向辽西推进呢?一是明廷阁臣亲自守边，对此不能不慎重对待。二是天启三年以后，后金城乡汉民bào动，此起彼伏。加上饥荒严重，“盗贼”兴起。后金大规模地屠杀汉民，编立农奴制庄园，民族关系十分紧张，阶级斗争也很复杂，社会动dàng不安，进军辽西不能不有后顾之忧。这种形势，明朝的一些有识之士也看得很清楚。他们认为，后金的兵力有限，全部人马西向不可能，若不全部发兵，便办不成大事。若进兵辽西，内部不够安定，顾虑颇多。后金得了辽东，巩固内部，耕田播种，不得不用辽人，又不能不防辽人。蒙古游弋于西，需要时时设防。朝鲜王国威胁于东。西南临三岔河，南临沧海，有可能随时受到明军的袭击。北界又有蒙古，若是西进怎么能轻易得到千里土地呢?即使一切顺利，后金兵久战之后，也还要稍稍休息[27]，这个分析是比较合乎实际的。事实上，努尔哈赤自从占了辽沈，进军广宁以后，被国内的事弄得焦头烂额，不要说内部汉民叛变，只东江明将毛文龙的骚扰，就弄得后金民不得安居，兵不得久住。天启三年刘爱塔等南四卫的守官相继叛变归明，明将张盘活动于金州、旅顺一带。在这期间，由于毛文龙及其部下向后金腹地进攻，努尔哈赤花了不少jīng力，派遣使臣送书给毛文龙，要求双方讲和。这些事使努尔哈赤无暇于对西方用兵，所以有所谓“鸷伏三年”不肯动兵的事。三是辽东旧督臣王象乾，善于抚慰蒙古各部，孙承宗又执行用辽人之议，安插辽民，改变了民心所向，这都不利于努尔哈赤举兵西进[28]。况且，努尔哈赤的用兵，一向是见机而行，见势不利，岂能贸然进兵。到了天启五年(公元1625年，天命十年)底，阁臣孙承宗罢官已去，努尔哈赤对内已经编庄完毕，基本上将辽民的反抗暂时镇压下去了。尽管国内仍然危机四伏，生产停滞，但出现了一个暂时的安定时期，而恰在这个时候，辽西的军事形势，也发生了有利于后金的变化，因此，宁远之战的爆发便临近了。