但是，在牧区改革问题上，中共中央新疆分局同中共中央而北局却产生了分歧，也引起了毛泽东与中共中央的高度重视。党中央在听取了中共中央西北局和中共中央新疆分局的汇报后，决定一九五二年六月二十八日在北京召开中共中央新疆分局常委会议，讨论解决新疆土地改革包括牧区改革问题，刘少奇主持并作总结讲话。会议批评了中共中央新疆分局在牧区改革上所犯的错误，指出“把农业区的经验机械地搬到牧区是错误的”，同时提出新疆土地改革、宗教工作应当注意的问题，qiáng调在新疆实行民主改革应当执行慎重稳进的方针，中共中央西北局和习仲勋的意见与中央是完全一致的。这次会议决定改组中共中央新疆分局，由王恩茂任中共中央新疆分局第一书记兼新疆军区政委、新疆财委主任;徐立清任第二书记，张邦英任第三书记，赛福鼎·艾则孜任第四书记。
为了贯彻中共中央这次会议的jīng神，中共中央新疆分局决定于七月十五日至八月五日召开中共中央新疆分局第二届党代表会议。为了开好这次会议，使新疆的各级gān部理解中央的政策jīng神，习仲勋受中共中央委派，于七月四日乘飞机抵达迪化。他广泛接触新疆各方面的gān部，深入了解情况。
毛泽东高度重视新疆问题的妥善处理。在习仲勋启程去新疆的前两天，他对新疆送来的关于农业区土地改革和牧区工作阳两个决议稿作出批示：“此两件请周总理即阅，明三日或四日至迟五日由尚昆派人乘飞机送迪化jiāo习仲勋、王恩茂二同志收，分于七月六日或七日送到勿误。原件应抄存一份。”两个决议稿是准备提jiāo新疆党代表会议讨论的，一个是《关于在新疆农业区实行土地改革的决议》(草案)，一个是《关于在新疆牧区工作的决议》(草案)。前一个决议草案指出：根据新疆的社会历史条件和民族特点，在农业区必须坚决地实行土地改革，同时对土地改革又必须采取十分谨慎的态度。为了保证土地改革胜利，决议对组织最广泛的反封建统一战线、正确地划分阶级、有分别地开展对地主阶级的斗争、没收地主阶级的土地财产、不断地教育农民群众等问题，以及保护宗教土地、保护畜牧业和外侨土地等具体政策作出了规定。后一个决议草案在肯定新疆解放以来牧区工作成绩的前提下，着重指出了牧区工作中所犯的一些原则性的严重错误。这些错误是：企图在牧区划分阶级，宣传社会改革，准备消灭地牧主经济;不顾牧民的觉悟程度和是否自愿，企图组织畜牧合作社;对于匪特煽动的群众性的叛乱着重军事清剿，政治争取和瓦解工作做得不够;在镇反中捕人太多，打击面过宽。总之对牧区工作不是采取慎重稳进的方针，而是企图实行一种危险的冒险政策;不是根据畜牧经济的特点实事求是地去规定若gān可能的改良，而是机械地搬用农业区土地改革的办法去改革畜牧经济。决议确定了牧区工作的总方针是：安定社会秩序，保护与发展畜牧业，在可能的条件下适当地改善牧工和穷苦牧民的生活。并在此总方针下实行一系列政策，包括“广泛地开展牧区统一战线工作，争取、团结一切可以争取、团结的人(包括部落头目、宗教首领及牧主)，只打击那些现行的反革命分子”;“坚决保存牧主经济，对牧主经济不斗不分，不划阶级，实行牧主牧工两利政策，逐步取消牧主封建特权，鼓励牧主的生产积极性，使牧主经济逐渐变成资本主义性质的经济，成为新民主主义经济的组成部分”等等。毛泽东认真阅读了这两个草案。此后，这两个草案经中共中央新疆分局第二届党代表会议讨论通过。【贺氏藏书·刘大海jīng校】
七月八日，习仲勋主持召开中共中央新疆分局扩大会议，吸收党代表会议的核心分子四五十人参加，传达中共中央的jīng神，组织分组讨论。经过五天会议，大家检讨了各方面存在的问题，初步统一了思想，为党代表会议的顺利召开“做了实际的准备”。
七月十五日，中共中央新疆分局第二届党代表会议正式开幕，习仲勋代表中共中央率中共中央西北局代表团出席会议，并向大会作了报告。第二天，习仲勋向中共中央汇报了中共中央新疆分局第二届党代表会议的具体议程和内容。他设想：“会议进行到后期，斟酌情形，我准备就土改问题和领导工作问题再讲一次，着重提出一些建设性的意见，帮助分局同志胜利的结束会议。会后，再定出具体办法，在新疆全党内普遍深入地进行传达，停止和扭转各方面工作中的混乱现象，布置土地改革工作。”七月二十日，中共中央收到习仲勋的报告后指示：“你于七月十六日晚写的报告今天收到，阅悉。我们认为你对新疆情况的分析和解决问题的方针是正确的，望即照此去做。”毛泽东还将习仲勋的报告，批示送给已经回国、仍兼任中共中央西北局第一书记的彭德怀阅示。
在这次党代表会议上，习仲勋就中共中央新疆分局所取得的伟大成就和出现的偏差作了几次重要讲话。他从提高党的gān部思想政策水平出发，从汲取经验教训和改进工作方法的角度提出意见，并宣布了中共中央的处理意见。中共中央西北局的几位领导和中央民委副主任刘格平，就民族宗教问题作了报告。“分局几位同志又都带头作了检讨，批评与自我批评就展开了”。会议还成立了由贾拓夫领导的财经工作组和张宗逊领导的军事工作组，以及清理积案工作、检察宣传教育工作和研究gān部工作三个委员会，准备更系统地了解情况。会议讨论了关于加qiáng外来gān部与本地民族gān部团结的问题和土地改革工作，通过了《关于防止和克服大民族主义倾向的决定》和《关于新疆农业区实行土地改革的决议》、《关于在新疆牧区工作的决议》。
习仲勋在报告和讲话中，系统阐述了中共中央和中共中央西北局在牧区改革工作的政策和策略。他指出：“中央和西北局对牧区工作是坚持慎重稳进方针，规定在目前以及今后一个长时期内的工作任务是：肃清土匪，镇压反革命现行犯，安定社会秩序，保护包括牧主经济在内的畜牧业，开展爱国主义教育和医疗、贸易工作，培养当地gān部，逐步建设民主政权，团结和争取一切可以团结和争取的人们，努力发展畜牧业。”他认为：必须重视占牧区畜牧业百分之六七十的牧主经济，这是一种半封建、半资本主义性质的经济。即其政治上的残酷压榨牧民是封建的，其对畜牧业的经营方法，则是带资本主义性质的。我们的政策，是逐步取消牧主在政治上的封建特权，但又坚决保护其牧主经济，并鼓励其发展，使其成为新民主主义性质济的一个组成部分。因此，牧主阶级一般是我们联合的对象而不是打击的对象。“对于牧区政权，不论是旧有的千百户制，或新设的县、区、乡制，都必须吸收当地有势力的和较好的部落头人参加，使其有适当地位，并逐渐增加各级政权机关的民主性。”牧区镇压反革命的对象，必须严格控制在现行反革命活动和武装叛乱首要分子的界限内。对于武装割据的部落头人，依据青海省争取昂拉区项谦千户的经验，首先用最大力量讲行耐心的政治争取，确实争取无效而仍武装顽抗时，才组织军事进剿。但在进剿中与进剿后，均不放松政治争取工作。