习仲勋刚刚担任政务院文化教育委员会副主任时，正值国家教育部为适应大规模经济建设需要而拟定全国工学院调整方案，他参与了这项工作，为新中国成立初期大学教育与大规模经济建设的紧密结合发挥了重要作用。从一九五二年下半年开始，按照“以培养工业建设人才和师资为重点，发展专门学院和专科学校，整顿和加qiáng综合性大学”的方针，全国各地高校分期分批进行院系调整和专业设置的工作。调整的原则：一是对许多大学的文、理、法学院或系合并，调整和加qiáng综合性大学;二是将各大学的工学院和工科各系实行合并，组建多科性工学院，或独立出来专门成立工学院，基本形成机械、电机、土木、化工等主要专业比较齐全的学科体系。习仲勋参与领导了这项工作，还具体指导了一些大学的调整工作。中国人民大学副校长、党组书记胡锡奎就调整问题致信政务院文教委，习仲勋十分重视，请示周恩来后于十一月十六日复信胡锡奎：关于人民大学办学方针问题，经请示周总理，提出以下意见，即以现有财经、政法系科为基础，再求巩固和发展，暂不办自然科学和文学艺术部分，本此制订一九五三年的工作计划;以后，财经学院可考虑并人人民大学;至于是否与北京大学合并，需等两三年后看情况再定。中国人民大学按照习仲勋复信的意见，对院系和专业设置作了调整，成为一所以马列主义师资和财经、政法gān部为招生对象的综合性大学，为大规模的经济建设培养了大批人才。
习仲勋主持政务院文化教育委员会工作后，面对文化教育整体落后、观念陈旧、不适应大规模经济建设需要，甚至与经济建设脱节的状况，进行深入的调查研究，在基本理顺思路后，他建议中央召开一次全国大区文化教育委员会主任会议。这个建议得到周恩来、邓小平的支持，并于一九五三年一月十三日至二十一日召开了这个会议。
一月十三日，习仲勋在会议上作了关于一九五三年文教工工作的方针和任务的报告。他在报告中指出，全部文教工作必须与经济建设密切结合，并很好地为经济建设服务，总的方针是：“整顿巩固、重点发展、提高质量、稳步前进。”新一年文教工作的主要任务是：大力整顿和办好高等教育与中等专业新育，适应培养经济建设人才的需要;继续开展群众性的爱国卫生运动，研究改进公费医疗卫生工作中的缺点，加qiáng城市、工厂、jiāo通线、农林种植场的医疗卫生机构工作队;调整和加qiáng科学研究机构和科学工作者队伍，密切科学研究工作与经济建设的联系，发展有关国家工业农业建设与国防建设的勘测研究工作;提高劳动人民、特别是工矿区人民的文化艺术生活和文化水平;大力整顿和充实文教基层组织，控制数量，提高质量，克服混乱和不巩固现象;加qiáng对外宣传及联络工作;继续进行文教工作人员的改造运动;加qiáng文教工作中的政治思想领导，切实改进领导作风和工作方法。这次会议，贯彻了中共中央的正确方针，明确了文化教育工作的指导思想，安排部署了一九五三年文化教育工作的任务，使大规模经济建设时期的文化教育工作有了一个良好开端。
紧接着，遵照中共中央和毛泽东的指示，政务院文教委员会在中央一级文教机关开展了反对官僚主义的斗争。通过自上而下的检查，机关工作确实存在不少问题。如文教委发出的有些决议和指示脱离实际、脱离群众，往往从主观愿望出发，要求过急过高，贪多图快，好大喜功。以扫盲工作为例，要求几年内完成全国扫盲任务，这个意图一传达下去，使不少地方计划指标定得很高，在教学方法上把部队的一套搬进工厂，搬到农村，固定四十人编一班，教学安排上以二百五十至三百个学时为限，突击完成任务，由此出现了假编班、假毕业的问题，有人为此患了神经病，甚至自杀。高等学校教学改革方面要求过急，有的学校试图以四年时间学完苏联五年制的课程，每周教学时间多达七十至九十小时，翻译力量跟不上，教授体力支持不了，学生也消化不了，师生健康受到严重影响。急于把小学全部包揽下来，脱离实际地推行“五年一贯制”。戏剧改革工作中也发生了许多简单急躁和违法乱纪现象。
习仲勋认为，存在这些问题，都是由于领导机关不重视了解全面的真实情况，不是严格地从客观实际出发，而往往是从主观愿望出发，不仅布置多，检查少，而且很多事情只有布置，没有检查，只jiāo任务不教办法，只问完成多少数目，不问这些数目是如何完成的。这样形成一种不好的风气，许多方面贪多、图快，到处铺摊子，好大喜功，不讲究实际工作的效果。这就不可避免地要迫使下面发生qiáng迫命令、形式主义，甚至把许多好事办成坏事。针对这些情况，习仲勋指出，整顿文教摊子，必须先有妥善的解决办法，然后再办，以免发生新的偏差。要调整组织机构和人员，如文教委员会下设的几个委员会，长期没有工作，党外人士意见很多，应加以整顿。要迅速改变这种状况，必须改进落后的工作方法，减少会议，抽出更多的时间和人力，帮助下面工作和钻研更大的问题。文教机关党外人士特别多，要做好统一战线工作。在习仲勋讲话jīng神的指导下，中央文化教育系统反对官僚主义的斗争顺利、稳妥地进行，也保证了文化教育各项任务的落实。
三月二日，习仲勋给中共中央和毛泽东写报告，汇报了文化教育系统反官僚主义的进展情况，提出五点意见：
第一，要把反官僚主义与当前各项实际工作相结合。不采取“bào风骤雨”的方式，而是采取“和风细雨”的方式。除对个别严重的官僚主义分子必须严肃处理外，对一般的官僚主义作风，都采取检查工作、教育提高的办法。方法应是自上而下，先从领导上检查起，再自下而上开展群众性的批评。时间要抓紧，但不作硬性规定，也不需天天开会，每周开一两次会议即可。争取三月二十日前在领导机关和领导gān部内把检查官僚主义告一段落，然后抽出力量分批到下面检查和帮助工作。
第二，要正确认识官僚主义的实际，加以分析，对具体事、具体人，抓住关键问题，实事求是地加以解决。避免轰轰烈烈而又空空dòngdòng地乱戴帽子、乱找岔子，或“眉毛胡子一把抓”的做法，这样都是不能解决问题的。
第三，重点放在党内。党员gān部应多做检讨，不要将做错事的责任推在别人身上。党外人士听其自愿。只学习文件，不作当众检讨，特别不去组织他们进行检讨。对他们不能要求过高，只要他们能够参加学习就好了。但是他们之中有些人要求进行自我检讨，亦应表示欢迎，并帮助其提高认识。
第四，一面反对官僚主义，一面提倡和推行钻研实际、联系群众的工作作风。并注意实行合理分工，树立领导核心，建立必要的和考虑成熟的工作制度等。我们的一切工作如果缺乏正确的领导方法和科学的工作制度，是决然做不好的。
第五，目前在领导gān部和领导机关内应是集中力量反对官僚主义。不能在反官僚主义的同时，提出很多口号，提出很多要解决的问题，这是办不到的。如卫生部反对官僚主义走在前面，有些经验也是好的，但他们要把反对自由主义与检查医疗事故和反官僚主义平列提出，则是不妥当的。