三日，中共中央将习仲勋的报告批转中共中央和中央军委、中央人民政府各部门党组在反对官僚主义斗争中参考。
经过半年多的工作，习仲勋对文化教育工作有了更深入的了解和认识，深感很多工作仅靠文化教育委员会本身是难以解决的，需要党和政府的高度重视。为此，他于五月十三日致信毛泽东，请求中央召开文教工作讨论会，并送给毛泽东和中央几位领导六份文件：一、《一九五三年全国文教工作计划》;二、《关于高等教育的情况及今后意见的报告》;三、《中央教育部党组关于检讨官僚主义和对今后普通教育方针的报告》;四、《关于整顿小学教育的决议(草案)》;五、《关于中、小学教育中几个问题的资料》;六、《关于扫除文盲工作情况和今后意见的报告》。习仲勋在给毛泽东的信中说：“此次送去的文件虽多了些，但为了集中地反映情况，使中央能够了解文教工作的全貌，似又不可减少。其中(二)、(三)、(四)、(六)是主要文件，可详审，其余仅供参考。我觉得这些文件还好看，不大费力，只需占中央一次会议时间就够了;其中很多方针问题，都已写在文件上，如经中央审核同意，只办一下批准手续就行了。”
毛泽东非常重视习仲勋的信，审阅了送来的报告和文件并批发全国各地和中央部门参阅执行。
在做好文教委员会工作的同时，习仲勋开始参与政务院总理周恩来领导下的经济工作。一九五三年二月十七日和二十三日，他两次参加周恩来召集的有朱德、曾山、贾拓夫和有关部长、国家计委委员与各局局长出席的会议，讨论苏联国家计委对中国第一个五年计划方案所提的意见，同意将五年计划中工业生产增长速度定为百分之十三至十五，年度计划则根据实际可能情况再定为百分之二十左右，以保证五年计划的提前完成。六月九日，他参加周恩来召集的有高岗、饶漱石、彭真、薄二波、李维汉、曾山、贾拓夫、齐燕铭等出席的会议，研究召开全国财经会议有关事宜。之后，习仲勋成为全国财经会议领导小组的成员，小组由周恩来、高岗、邓小平、饶漱石、薄一波、邓子恢、彭真、李维汉、曾山、贾拓夫和各中央局、分局书记组成。一九五四年二月十二日，中共中央政治局决定成立由陈云(主持)、高岗、李富chūn、邓小平、邓子恢、习仲勋、陈伯达、贾拓夫组成的编制第一个五年计划纲要八人小组，并开始工作。为新中国成立后国民经济第一个五年计划的编制，习仲勋付出了辛勤劳动。
■在周恩来总理身边
一九五三年九月十八日，中央人民政府委员会第二十八次会议通过决定，任命习仲勋接替李维汉为政务院秘书长。在一九五四年九月举行的第一届全国人民代表大会第一次会议上，政务院改名为国务院，根据周恩来的提名通过国务院组成人选，陈云、林彪、彭德怀、邓小平、邓子恢、贺龙、陈毅、乌兰夫、李富chūn、李先念等为副总理，习仲勋为国务院秘书长。在一九五九年四月的第二届全国人民代表大会上，习仲勋被任命为国务院副总理，继续兼任国务院秘书长。在此期间，他与同恩来朝夕相处，成为周恩来的得力助手。周恩来十分信任习仲勋，支持他放手工作，多次对他说：“我们是好朋友。”
一九五四年九月二十九日，刚任国务院秘书长的习仲勋即参加了由周恩来主持召开的国务院常务会议，研究总理和副总理分工问题。十月十五日，习仲勋出席了由周恩来主持召开的第一次国务院全体会议，研究提出在原政务院机构的基础上建立国务院，设立政法、文教、重工业、轻工业、财金贸、通、农林水、对资本主义工商业改造八个办公室，由罗瑞卿林枫、薄一波、贾拓夫、李先念、王首道、邓子恢、李维汉分任办公室主任，协助总理领导有关部门工作。三十一日，周恩来主持第二次国务院全体会议，宣布成立八个办公室，也等于八个“口子”，并决定不属于这些“口子”的部门由总理、副总理、秘书长分工领导，习仲勋分管总理和副总理分工以外的其余十二个国务院直属机构。在这次会议上周恩来还提出，为加qiáng国务院的集中领导，大事要集中到国务院全体会议和常务会议，有些事情集中到他和陈云、陈毅、习仲勋处。之后，周恩来要去广东工作二十天时间，临行前的十一月一日，他向陈毅、习仲勋当面jiāo待了国务院的日常工作。
一九五五年一月十一日，习仲勋参加周恩来主持的国务院汇报会议，会议决定习仲勋担任以贺龙为主任的编制工资委会(原名编制审查委员会)副主任。周恩来要求编制工资委员会争取在三年内，有步骤地将政府系统中应该退休和转到企业、投考学校的各种人员，分别妥善处理完毕，初步做到在政府中定员定额。习仲勋与贺龙一起，经过一段时间艰苦细致的工作，明确和落实了政府系统的定员定额，在废除工资分制的同时实行了薪金制，妥善解决了人大代表、政协委员及其他的员补贴和工作安置问题。【贺氏藏书·刘大海jīng校】
五月十日，习仲勋参加周恩来召集的国务院汇报会议，商议周恩来、陈云、陈毅和习仲勋在国务院的分工问题，决定不归各办管辖的国务院各直属机构及其他例行工作，由习仲勋负责处理。周恩来要求：“各主管的同志能够解决的，就可以直接批办，不必传阅;不能解决的再由周(恩来)、陈(云)、陈(毅)、习(仲勋)共同处理和请示中央解决。凡带有综合性的事情，则由习(仲勋)根据分工范围分别批送各分管同志解决。”这就使习仲勋在整个国务院工作运转中处于中枢地位。习仲勋没有辜负周恩来的期望，在以后工作中敢于负责，竭尽心力，受到各方面的好评，被大家誉为“国务院的大管家”。
在担任政务院秘书长和国务院秘书长初期，习仲勋同周恩来都在中南海西花厅办公。周恩来日理万机，常常忙到深夜，睡眠时间很少，第二天还要很早起来投入工作。作为秘书长的习仲勋，具体事务很多，一会儿开会，一会儿来人请示汇报工作，人员来往比较多。习仲勋毅然从西花厅搬到与之一墙之隔的工序厅北院，和几位副秘书长挤在一起办公。他宁愿自己办公条件差一点，多跑些路，也不想因为自己的工作而影响到周恩来的工作和休息。
习仲勋日常工作十分繁忙。小到会议活动安排，重要出访代表团成员名单审定，大到国务院部门体制的设置，国民经济计划的制定，重要的外事活动等等，几乎凡是国务院的活动，都有习仲勋的身影。仅从《周恩来年谱》中撷取的零星资料就能看出习仲勋在国务院工作的情况：一九五五年十一月二十五日，周恩来批示将《每日汇报表》中记载的本日彭真召集各省、市负责人谈知识分子问题后，要求各地提供关于知识分子五个方面材料的记录，打印出来送毛泽东、刘少奇、朱德、陈五、邓小平、陈毅、习仲勋、胡乔木审阅;一九五六年四月三十日，习仲勋参加周恩来召集的有李富chūn、李先念、邓子恢、薄一波、罗瑞卿等出席的会议，商谈国务院新增部委的有关问题;五月十五日，周恩来主持有各省市负责人参加的国务院第二十八次全体会议，就召开国务院体制会议作出安排，这次会议决定成立财政、计划、工业、事业、基本建设、政法、综合七个研究体制问题小组，周恩来要求七个小组在日常工作中碰到的问题，可分别请示李先念、李富chūn、贾拓夫、王首道、薄一波、罗瑞卿、习仲勋解决;一九五七年三月十日，习仲勋参加周恩来召集的有陈云、李先念、薄一波、钱俊瑞等出席的会议，着重研究讨论一九五七年国民经济计划;一九五八年四月二十日，习仲勋、彭德怀陪同周恩来到郑州市郊区燕庄关虎屯农业社察看小麦长势，了解生产和社员的生活情况;十一月十八日，周恩来将中共中央办公厅和国家档案局就党政档案的统一管理的报告批给杨尚昆、习仲勋处理，等等。