第二种说法认为，藏经dòng的残卷较多，许多都是当时废弃不用的文书。还有那些大量的卷轴式经卷，在公元10世纪末折叶式经卷广泛流行起来时，已经失去了实用价值。佛教一般不准毁灭经典，便封存在dòng内。
但对这种廉洁的相反意见也很有道理，既然是古代作废不用的文书，为什么要封闭起来再画上伪装呢?
第三种说法认为，这是为了改造和重修大dòng窟(第16号dòng窟)时，将这用处不大的小窟封闭起来的。根据是，1953年敦煌研究所工作人员在第53窟北壁发现一个被封闭的小窟(现在编为第469窟)。大小与藏经dòng差不多。西壁上写了一段题记：“广顺三年，岁次癸丑(公元953年)八月十五日府主太保就窟工造二千人斋，藏内记。”话说得很明白，这是归义军节度使在莫高窟举办一次盛大法事，法会所用物品，过后便收藏在这dòng中。由此推论，藏经dòng也被作为一个小藏室，平日堆放这些旧书残卷。后来在大dòng窟改造重修时，顺便将这无用的小仓库堵上。外边的画只是依照常规画上几个供养菩萨，并非作为一种掩人耳目的伪装。
然而这种说法，猜测成分太多，不能取得一致的信服。
还有一种说法，认为藏经dòng封闭与伊斯兰教东传有关。皈依伊斯兰教的哈拉汗王朝，大肆毁坏佛教的偶像，并对地处西域西端、信仰佛教的于阗国发动宗教战争。经过40年战争，于阗国被占领并伊斯兰化，因而使得大西北所有佛教中心都感到qiáng大威胁。公元1093年，哈拉汗王朝向宋朝提出共同攻打西夏，得到宋朝的赞同。这一消息传到敦煌，肯定引起很大恐慌，于是采取了这一应急的保护措施。
这一说法缺乏具体依据，仍然仅仅是猜测。但是，它使我们想到，公元10世纪至11世纪之jiāo，敦煌遇到了它有史以来最大的麻烦。在外部，东边是崛起的西夏党项族，势头bī人;西边是与佛教为敌的哈拉汗王朝，随时可能纵骑而至。在内部，也正是在1002年，曹氏后裔曹宗寿迫使他的叔父、原归义军节度使曹延禄、瓜州防御史曹延瑞自杀。局势错综复杂，危机潜伏。在这种严酷的形势下，封闭藏经dòng成了大势所迫。但更具体的情节与缘故，却依然没有寻到。
据说，在流散到国外的敦煌遗书中，曾发现两件年代更晚的资料。一件是北宋仁宗天圣九年(公元1031年)，另一件是清代康熙二十一年(公元1682年)。这一信息曾使人们惊讶不已!因为封闭藏经dòng的时间，必须是在dòng中有纪年的文献的年代之后。如果真有一卷更晚的文献，甚至哪怕一页清代的文书，整个封闭的理由又会成为一个全新的神话。可是，有人怀疑这两件写本，不一定是藏经dòng的文献，也许是在敦煌其他地方所出土。于是，一切又回到扑朔迷离之中。
对于藏经dòng封闭的原因，最终还要在dòng中的文献里去寻找。
那么这被称作“世纪之宝”的敦煌遗书，究竟含着怎样的内容?
单是5万件古代文献就是无法估量的财富了。
单是存放了近一千年就是无以比拟的财富了。
时间创造文物。一千年过去，每一页书写的纸都成了罕世奇珍。何况厚厚实实五万卷，还有那么多绘画、雕塑、佛教文物，塞满了整整一个dòng窟!
然而无比宝贵的还是它的内涵。
dòng中的文献大部分是佛教经卷。弥足珍贵的是那些在“大藏经”中都没有收入的佚文佚经，却在这里出现了。它们使佛教经典的宝库得到充实。
(《大乘四法经》、《因缘心论颂》、《异译心经》等)
许多经卷的题记和疏释，还为研究中国佛教历史和当时宗教与社会状况提供了崭新的材料。
(《净名经关中释抄》。《金光明经》题记。《十地义记》、《维摩诘经释》、《法华玄义》、《瑜珈师地论随听手记》等)
各种佛经目录，一经发现，即刻在我国古代目录学史上占有显眼的位置。大量的寺院文书，包括财产账目、僧尼名籍，法事记录，以及斋文、灯文、施物疏等，组成一幅文字的工笔画，jīng致地再现了敦煌佛教的繁盛景观。
(《天复二年都僧统光照帖诸僧尼寺纲香徒众等》，《寺户妻女纺毛簿》，《沙州诸寺丁口壮车牛役部》，《甲辰年直岁惠安手下诸色入破历》等)
最有价值的佛经如《大般若波罗蜜多经》、《维摩诘所说经》、《金般若波罗蜜多经》、《妙法莲华经》、《金光明最胜王经》、《大乘无量寿经》等，由于抄写年代较早，对宋代以来的传世本都具有重要的校勘价值。尤其有的经典，在印度连原始的梵文本都已经散佚，它就更具有权威的意义了。
在敦煌遗书中，那些道教、摩尼教、景教、祆教的文献也有相同和非凡的分量。比如道教名作《老子化胡经》，在元代至正十八年(公元1358年)被指为rǔ没佛教而彻底销毁，早就不见了踪迹。但它在藏经dòng却意外地露面。再如，人们对于摩尼教的历史及宗教内容一直所知甚少，但dòng中一卷《摩尼光佛教法仪略》，将摩尼教的起源、形象、典籍、教团、制度、教义等细致地展开，一下子把大半空白的摩尼教有血有肉地填满。而另外一些关于景教的卷子，又把那个来自叙利亚、同样神秘的景教，美妙地开启了。
(西安《大秦景教流行中国碑》。景教文献《大秦景教三威蒙度赞》、《尊经》、《一神论》、《志玄安乐经》、《宣元至本经》、《序听迷失所经》、《大秦景教大圣通真归法赞》等)
藏经dòng里放满了能够打开历史密室的钥匙。
从文化jiāo流的意义上说，藏经dòng又是整个莫高窟的浓缩。一方面是外来佛教文化的传入，一方面则是中土文化的弘扬。
藏经dòng中浩瀚的儒家典籍是这方面充实的证据。重要的儒家经典几乎都可以在这里找到。诸如《易经》、《诗经》、《尚书》、《礼记》、《chūn秋》、《论语》、《孝经》等，总数达百卷以上。由于大都是珍罕难得的六朝与唐代写本，在校勘、训诂、辑佚方面的价值极高。
dòng中所藏的《尚书》“隶古定”本，是我国久已绝迹的最古老的版本。
很多材料，都是失落千年，今朝复得。
比如《论语》。传世本都是“三人行，必有我师焉”。藏经dòng的古本《论语》却是“我三人行，必有我师焉”。这是非常重要的儒家典籍中，一个贻误了千年的错误。这样的例子举不胜举。
如果从勘误与补正的角度上看，藏经dòng中大量的史籍与古地志，意义同样非凡。
(《史记集解》、《汉书·刑法志》、《王莽传》、《萧何曹参张良传》、《萧望之传》、《三国志·步骘传》等)
古代著作是以传抄或重刻的方式流传下来的。其间最容易生出错误。世代辗转，讹误愈增。校勘神圣的意义，便是恢复历史的原貌。历史和文明的尊严，以及对历史和文明的尊重也就都在其中了。
如果我们将藏经dòng中的《大唐西域记》与传世本仔细校对，就会发现，像《论语》那样的错误不下一百处。