万历十一年五月，努尔哈赤以父祖遗甲十三副起兵，与尼堪外兰开战。然而，这时努尔哈赤已经得到了父祖的遗产，并王杲的全部敕书。对此，建州有许多人不服气。努尔哈赤在各部中相当孤立，连六祖的子孙，即一些爱新觉罗氏人也yīn谋反对他，甚至暗中聚在一起，对神发誓杀掉努尔哈赤[17]。
努尔哈赤初起兵的时候，曾经与苏克苏护河部的萨尔浒城首领瓜喇约定，共同起兵。瓜喇最初曾经归附了尼堪外兰，后来，尼堪外兰揭发他，把他缚到抚顺所，受到边吏的处责。对此，瓜喇深为不满，与弟弟诺密纳，串通嘉木湖寨主噶哈善、沾河寨主常书、杨书等四人，决意与爱新觉罗氏努尔哈赤联合。
努尔哈赤与四位部长集会，杀牛祭天，共立盟誓。但四位部长对努尔哈赤尚有顾虑，一起向努尔哈赤申诉说，我们比其他各部先前来参加盟誓，非同一般诸申(自由人)可比。希望你能待我们象骨肉一样亲，彼此应视同手足。努尔哈赤为了报父祖之伊，增加实力，接受他们要求，诚心与诺密纳兄弟倾心jiāo结，共同前去攻打尼堪外兰。
这时，努尔哈赤三祖索长阿的第四子龙敦，对努尔哈赤的行动大为不满，出来破坏。他暗中挑唆诺密纳的弟弟鼎喀达说：夭朝(系指明朝)尚且欲立尼堪外兰掌管卫事，筑城嘉班，你们何必与努尔哈赤盟誓?鼎喀达听了以后，把这番话传给兄长诺密纳。于是，诺密纳不顾盟言，除背叛成约，按兵不动外，还与尼堪外兰通款和好了。
同年八月，当努尔哈赤再次起兵攻打尼堪外兰的时候，诺密纳兄弟首先得到消息，暗中通告给尼堪外兰，使他提前逃脱，努尔哈赤又白白地兴师动众了。
以龙敦为代表的五祖子孙，这时都竭力反对努尔哈赤掌管卫事，他们处处刁难，千方百计地谋害努尔哈赤。一天，六祖宝实的儿子康嘉、绰奇塔、觉善等共同谋划，由族人兆佳城主李岱作向导，邀请哈达部兵，将努尔哈赤的瑚齐寨抢劫一空[18]。
同时，长祖德世库、二祖留阐、六祖宝实的子孙等在庙堂，一起发誓继续设法杀害努尔哈赤。
六月的一天夜里，一伙人乘努尔哈赤休息的机会，爬梯登栅，向努尔哈赤院内bī近。这时，努尔哈赤深知自己处于四面皆敌的险境，倍加提防。他常常心神不宁，夜不成寐。于是，他翻身下炕，持刀出门，登高向四外瞭望。恰在这时，凶徒刚逾栅翻墙，当他们看见努尔哈赤站在那里的时候，便心惊胆颤地纷纷坠地，悄悄地溜走了。
谋杀者首次谋害未成，不肯罢休，又在九月份，再下毒手。一夭，正当夜幕降临的时候，行刺者拔掉了努尔哈赤的栅杖，悄悄地溜进院内，bī近住房。这时，努尔哈赤的家犬汤古哈惊叫起来。努尔哈赤得到警报，机敏地把三个孩子隐蔽起来，手持利剑，大呼：哪里贼人，胆敢来犯，体要逃走!边喊边以刀背敲击窗棂当当作响，做出踹开窗户冲出的架势，然后他蓦然地一转身，从门急速闪出来。刺客未及提防，见努尔哈赤来势凶猛，锐不可挡，便惊恐万状，四处奔逃。结果，只有睡在窗子下边的家人卧海，被刺死了[19]。
一计不成又生一计，谋杀者龙敦深知努尔哈赤智勇过人，要杀他不是轻而易举的事，便设法削弱努尔哈赤的势力，除掉他的帮手，先将努尔哈赤的妹丈噶哈善杀掉，用以威胁、孤立和打击努尔哈赤。有一天，龙敦遇见了努尔哈赤的庶母弟萨木占，挑唆说：你妹妹(亦是努尔哈赤之妹，噶哈善之妻)现在正在我家，你我共同前去杀了噶哈善。萨木占曾参与谋害努尔哈赤的活动，对于龙敦的话听信不疑。于是，率领手下部众匿伏在路边。噶哈善毫无戒备，走入伏击圈，萨木占等突然冲出，蜂拥而上。噶哈善没有来得及还手，就被刺死了。努尔哈赤听到这个不幸的消息后，召集族众，想去收尸。然而，族兄弟多数与龙敦同谋。努尔哈赤只好带领亲族兄弟、好友数人[20]前去寻尸。这时族叔尼马兰城主稜敦，好心地制止他说：你最好不要前去了，此行我看凶多吉少，恐怕为他人所害。努尔哈赤本来就已经气愤难忍，听了族叔的话，更加怒火满腔。于是，他披甲跃马向城南山岗奔驰而去，举弓搭箭，跃武盘旋。
又返身疾驰入城，大呼;有要杀我的快快出来，莫要退缩!族人见他如此英武，个个恐惧，不故应战。努尔哈赤终于从容地收回了噶哈善的尸体，厚加安葬。
龙敦、萨木占等人杀害努尔哈赤的妹夫，以为流血可以吓住努尔哈赤，万没想到他竟单骑跃武，收尸厚葬。从其事而论，努尔哈赤并不是一时的鲁莽，而是有勇有谋，智勇双全的人，他既能以武力服众，也能以智慧斗敌。因此，在如此危难之中，他不仅对于谋杀者提高警惕，积极防范，而且对于所抓到的刺客在处置上也颇有远见。有一次，刺客乘夜间在努尔哈赤的家宅附近窥伺，寻找下子的机会。努尔哈赤听见窗户外边有脚步声，就身佩短刀，手持弓箭，告诉妻子说：你假装去厕所。他隐随妻子身后，到烟筒边埋伏下来。那一天，yīn云密布，伸手不见五指。摹然，电光闪耀，刺客已经接近了烟筒。
努尔哈赤手疾眼快，以刀背猛击过去，对方还未察觉，就仆伏在地了。努尔哈赤命令老家人上前捆绑。老家人说，何必捆绑，应该杀了他。努尔哈赤暗想：这刺客，非同一般，后边必有其主，杀了他易于反手，但必然会给人以借口。如果他的主人乘机加兵于我怎么办?自料目前兵少，难于抵御。于是，努尔哈赤决意不杀，就佯装不知刺客的来意，指其面说：你必是来偷牛的吧!刺客听了这话，大为宽心，立即回答说：偷牛是真的，并没有其他的意思。老家人不理解努尔哈赤的想法，争辩而又指着刺客说：你明明是来杀害我主人的，还谎说是偷牛的，杀了你可以警告他人。努尔哈赤故意解释说：他确实是偷牛的，谅他也不会有别的意思，放他走吧!
“小不忍则乱大谋”，努尔哈赤深明此理。他初起兵的时候，力弱兵单，不能处处死打硬拚，为了保存力量，以图发展壮大，忍耐一时是十分必要的。又有一夫深夜，努尔哈赤夜不成寐，他见侍婢在灶下拨灯，灯火若明若暗，他心绪烦乱极了。只好穿上短甲、罩衣，内带弓刀，到院中的隐僻处查看，只见栅墙空处，隐约似有人影。因为夜幕沉沉，形影难辨。忽然电闪雷鸣，一道光束划破夜空，人形显露出来。努尔哈赤借着闪光一箭she去，正中那刺客的肩头。刺客见势不妙，惊恐欲逃。努尔哈赤哪里肯放，接着又是一箭，she穿刺客两足，随后努尔哈赤一跃而起，飞身一刀，刺客应声仆地。族众和兄弟们闻讯纷纷赶来。见刺客屡屡加害，个个气愤异常，有的举手便打，有的持刀要杀，众人议论纷纷，莫能一致。努尔哈赤把族众招到一边，劝导说，杀一个刺客极为容易，可是他的主人若是借口发兵，掠走我们的粮食，部众没有口粮，必然会离散。
部众一散，我们不是孤立了吗?况且，目前弓、箭皆少，武器不足，怎么能抵抗呢?另外，别人也会说我们杀人起衅，声誉也不好，不如忍耐一时，放这刺客走吧!众人听了，顿开茅塞，欣然同意了努尔哈赤的意见，答应把刺客放走[21]。